1991 年第 409 中队在结束了“沙漠风暴”行动之后被解散，其飞机移交给第 421 和第 439 中队。1992 年 6 月和年底第 421 中队和第 439 中队也分别被解散。随着冷战的结束，贝登-索林根于 1994 年关闭，所有驻德 CF-18 返回加拿大。

1987 年驻德国贝登-索林根的 CF-18A 与北约盟国的战斗机编队飞行

　　驻德 CF-18 返回后，“大黄蜂”的一线作战部队被削减至 4 支——冷湖的第 416、441 中队和巴戈特维尔的第 425 和 433 中队，外加冷湖的第 410 训练中队。4 支作战部队中有两支要保持戒备状态，一旦出现紧急情况可迅速开赴欧洲，另外两支中队则需要支援海上行动。当然 4 支中队的首要任务还是保卫加拿大领空。

CF-18A 拦截俄罗斯的图-95 侦察机

　　驻德 CF-18 一部分被分配给现有 4 支中队，一部分被封存。到 1994 年末，加拿大剩余的 125 架 CF-18 仅余 72 架在作战部队，其余的或在冷湖训练部队或被封存。

　　1995 年加拿大武装力量空军司令部宣布退役 12 架 CF-188，并行封存，使作战中队的 CF-18 数量降至 60 架，每个中队装备 15 架而不是原先的 18 架。冷湖的第 410 中队装备了 23 架，还有 23 架或在封存中或在维修状态。

　　加拿大空军这样做可减少 CF-18 平均飞行时间，延长服役时间。

　　1999 年 3 月第 441 中队部署到意大利，参加北约对科索沃的轰炸。

参加北约对科索沃的轰炸的 CF-18A 从意大利阿维亚诺空军基地起飞

　　加拿大在 21 世纪初开始了其 80 架 CF-18 分阶段升级计划，2001 年 4 月加拿大政府授予波音公司 4.36 亿美元的第 1 阶段合同，工作内容主要是提高通信与导航能力，包括安装一套先进任务系统、一套 NATO 兼容的雷达系统、一套用于武器系统和相关设备控制的外挂物管理系统以及确保盟国能轻易识别加拿大 CF-18 的一套询问/应答系统。同时通过结构改进，使战机寿命延长至 2015 年。

2009 年，409 中队的 CF-18B

　　2005 年 2 月加拿大与波音签订了 1.35 亿美元的第 2 阶段合同。内容包括可确保加拿大同美国以及其他盟友之间可协同操作的数据链系统、提升武器瞄准的波音联合头盔显示系统、提高动态感知能力的新色驾驶舱显示器、提升生存能力的电子战系统。第一阶段在 2006 年完成，2010 年 3 月 26 日波音公司完成了所有 CF-18 的升级工作。

　　升级后的 CF-18 可发射 AIM-120 AMRAAM及用全球定位系统辅助的制导空对地武器系统，可挂载洛克希德·马丁公司研制的“狙击手 XR”先进瞄准吊舱，可以与盟军现代化的飞机进行直接通信并参与精确打击任务。“狙击手 XR”集成了所有传统瞄准吊舱的功能以及目前美海军吊舱还没有的能力，诸如激光指示器、数字数据记录器、战斗识别器和多目标空对空跟踪。采用了高分辨率、中波、第三代前视红外、双工作状态激光器和电荷耦合器件电视摄像机以及激光光斑跟踪器和激光指示器。该吊舱与 AN/AAS-38 吊舱的借口兼容，取代了原先的双吊舱系统。

第 441 中队的 CF-18A 正在测试“狙击手 XR”先进瞄准吊舱

2010 年 6 月，因发动机故障在阿尔伯塔国际航展上坠毁的 CF-18A